Sur le plan qualitatif, l’état de la qualité des eaux de surface et des retenues des barrages est généralement bon, excepté en ce qui concerne les teneurs en Phosphore total et les valeurs des paramètres de pollution à l’aval des rejets des eaux usées des villes et des grands centres. Par contre, la qualité des eaux souterraines est très dégradée, à cause de la forte minéralisation et des teneurs élevées en nitrates.

D’autre part, les activités domestiques, industrielles et agricoles exercées dans le bassin génèrent une pollution importante. Ainsi, le fluxglobaldes eaux usées domestiques rejetées dans le milieu récepteur et en mer est évalué à environ 133 Mm3/an et la charge polluante y associée est de l’ordre de 46.500 tonnes/an de DBO5, 15.600 tonnes/an de matières azotées et 2.600 tonnes/an de matières phosphatées.

Les eaux usées des villes de Casablanca, de Rabat et de Salé représentent elles seules plus de 90% des rejets domestiques, qui se font principalement en mer, alors que les rejets continentaux sont estimés à 12,3 Mm3/an. Elles correspondent essentiellement aux rejets des villes et centres de Ben Slimane, de Rommani, de Mâaziz, de Tiddas, d’Oulmès, d’El Gara, de Ben Ahmed, de Berrechid, de Settat, de Had Soualem et de Bir Jdid.

En matière de pollution industrielle, le bassin compte environ 3.358 unités industrielles, dont 1.515 unités présentent un caractère polluant.